Entre as pesquisas desenvolvidas através da Pós-Graduação de Pesquisa do IFSul destaca-se a do Grupo de Pesquisa em Contaminantes Ambientais. Diferentes trabalhos tem sido desenvolvidos na laguna dos Patos e demais sistemas hidricos da região, onde através do monitoramento físico químico, microbiológico e da análise de contaminantes com Hidrocarbonetos saturados, poliaromáticos e metais pesados vem caracterizando o impacto sofrido pela laguna e seu afluentes . Na prospecção mencionada o Projeto Flotilha forneceu apoio logístico em ações desenvolvidas em terra e em água.
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